Paint.NET wurde in Zusammenarbeit von der Washington State University und Microsoft entwickelt, um die mit allen Windows-Betriebssystemen ausgelieferte MS-Paint-Software zu ersetzen. Die Software bietet viele leistungsfähige Funktionen, die man normalerweise in kommerzieller Software findet. So kann Paint.NET beispielsweise mit mehreren Ebenen arbeiten und bietet volle Unterstützung für transparente PNGs, eine unlimitierte History und eine Unmenge visueller Effekte. Ein weiteres interessantes Merkmal: Werkzeugfenster werden transparent, wenn sie über dem Bild liegen. Dies ermöglicht bessere Einbindung von Effekten und ist etwas, dass man bei den meisten kommerziellen Bildbearbeitungsprogrammen noch vergeblich sucht. Die Funktionen beinhalten unter anderem eine Multi-Dokument-Oberfläche mit Tabs, so dass man mehrere Bilder öffnen und bearbeiten können. Eine verbesserte und leistungsfähigere Toolbar und vom Nutzer definierbare Farbpaletten sind weitere Highlights.